La WonderSwan Color es la versión con pantalla a color y fue lanzada en Japón el 30 de diciembre de 1999, teniendo un éxito moderado. La nitidez de la pantalla en color no llegó al nivel de la pantalla en blanco y negro original hasta la llegada de SwanCrystal, la tercera versión de esta línea de productos, que tuvo con una pantalla TFT sin iluminación, similar a la de la Game Boy Color. Aunque la WonderSwan Color fue un poco más grande y más pesada (7 milímetros y 2 gramos) en comparación con el WonderSwan original, la versión en color tiene 64K de memoria RAM y una gran pantalla LCD en color. Además, la WonderSwan Color es compatible con la biblioteca de los juegos de la WonderSwan original.
